崇明生态研究院是上海高校IV类高峰学科“岛屿大气与生态”建设依托的实体，由华东师范大学牵头，协同复旦大学、上海交通大学和崇明区人民政府共同建设。

研究院的建设目标是成为崇明世界级生态岛建设的重要科技支撑和国内外有影响力的生态科创重要平台；立足崇明，服务上海，面向全国，影响世界。以实体化运行的研究院为载体，以建设国际联合实验室和承担国家重大科研任务为实施路径，汇聚一流人才，开展一流研究，产出一流成果，增强生态中国的世界贡献。

围绕崇明世界级生态岛建设的迫切需求，研究院下设6个研究中心，分别是：大气环境安全研究中心、生态保育与修复研究中心、灾害风险防控研究中心、碳循环科学与技术研究中心、岛屿生态系统演化研究中心、以及全球变化与海岸带生态系统研究中心。

研究院实行理事会领导下的院长负责制，采取“专职管理运行团队+专兼职科学家团队”的双轨运行机制；以学科为牵引，以需求为导向，以协同创新为核心，整合跨学科、跨领域、跨部门创新要素，充分发挥牵头高校和协同单位的资源集聚优势，创建能够激发活力的激励机制，形成建设合力。